Alla raccolta segue la liberazione dei semi ed a tale scopo, dopo la raccolta i frutti sono lasciati a fermentare fra le foglie di banano per circa 4-5 giorni. Nelle prime ore si assiste allo sviluppo di lieviti e di Zymomonas nobilis, con produzione di alcool e di biossido di carbonio, che realizzano un ambiente anaerobico, favorevole a ai batteri lattici eterofermentanti. La temperatura si assesta tra i 45 ed i 50°C ed in questa fase di lavorazione la polpa si liquefa e viene eliminata consentendo così l’entrata di ossigeno. L’ambiente va incontro ad una riossidazione. Si tratta di un ambiente povero di zuccheri, ma ricco di acido e di etanolo. Si ha uno sviluppo di batteri acetici determinanti per conferire l’aroma del prodotto. La fermentazione inattiva il seme che smette di germogliare. L’innalzamento della temperatura opera una selezione di forme microbiche via via sempre più termoresistenti come lo Sterptococcus thermophilus, il Bacillus stearothrmophilus ed il Bacillus subtilis che andranno a costituire così la microflora dominante dei semi fermentati.
Nei semi di cacao si ha anche la presenza di muffe che variano in relazione alla umidità ed alla temperatura.
Se i tegumenti del seme sono integri le muffe non riescono a penetrare.
Durante la fermentazione a causa dell’innalzamento della temperatura si ha la graduale scomparsa delle muffe ad eccezione di poche specie quali Paecilomyces variotii, Mucor pusillus e Aspergillus fumigatus. È fondamentale che l’umidità venga mantenuta al di sotto dell’8%, punto critico per lo sviluppo delle muffe.
Durante la fase di fermentazione si ha innanzi tutto una variazione del colore delle fave: da rosa a rosse a seguito di una parziale idrolisi dei glucosidi fenolici e la loro ossidazione per opera della ossidazione dei polifenoli. Si ha anche una modificazione dell’aroma per la formazione di acido acetico ed una riduzione dell’astringenza dovuta alla modificazione dei tannini responsabili appunto del gusto amaro.
Per i semi di cacao esiste anche il problema degli infestanti, in particolare per la presenza di lepidotteri che sono caratterizzati dall’avere un rapido ciclo biologico. Altri insetti causa di infestazioni sono i coleotteri che rappresentano un pericolo soprattutto nell’ambito dei magazzini di stoccaggio.
Si considerano, a tale proposito, semi di prima qualità quelli che presentano danni dovuti insetti superiori al 3%, di seconda qualità quei semi con una infestazione non superiore al 6% e non classificabili tutti gli altri.
Per realizzare la fermentazione, i semi vengono posti in scatole di legno con fori in modo che la polpa cominci a gocciolare attraverso di essi per 8 giorni, ruotandoli a strati e coprendoli con foglie di Cambur senza lasciare spazi aperti per evitare l’ossidazione.
